În arealul deltei au fost identificate 29 de tipuri de habitate de interes comunitar; astfel: Ape stătătoare oligotrofe până la mezotrofe cu vegetație din Littorelletea uniflorae și/sauIsoëto-Nanojuncetea; Ape puternic oligo-mezotrofe cu vegetație bentonică de specii de Chara; Bancuri de nisip acoperite permanent de un strat mic de apă de mare, Comunități cu salicornia și alte specii anuale care colonizează terenurile umede și nisipoase; Comunități de lizieră cu ierburi înalte higrofile de la nivelul câmpiilor, până la cel montan și alpin; Cursuri de apă din zonele de câmpie, până la cele montane, cu vegetație din Ranunculion fluitantis și Callitricho-Batrachion; Dune cu Hippophae rhamnoides; Depresiuni umede intradunale; Dune mobile embrionare (în formare); Dune fixate cu vegetație herbacee perenă (dune gri); Galerii ripariene și tufrișuri (Nerio-Tamaricetea și Securinegion tinctoriae); Lacuri eutrofe naturale cu vegetație tip Magnopotamion sau Hydrocharition; Lacuri distrofice și iazuri, Lagune costiere; Lagune costiere; Mlaștini calcaroase cuCladium mariscus; Pajiști cu Molinia pe soluri calcaroase, turboase sau argiloase (Molinion caeruleae); Pajiști mediteraneene umede cu ierburi înalte din Molinio-Holoschoenion; Pajiști de altitudine joasă (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis); Pajiști aluviale din Cnidion dubii; Pajiști sărăturate de tip mediteranean (Juncetalia maritimi); Pajiști și mlaștini sărăturate panonice și ponto-sarmatice; Pajiști xerice pe substrat calcaros; Păduri ripariene mixte cu Quercus robur, Ulmus laevis, Fraxinus excelsior sau Fraxinus angustifolia, din lungul marilor râuri (Ulmenion minoris); Râuri cu maluri nămoloase cu vegetație de Chenopodion rubri și Bidention; Stepe ponto-sarmatice; Tufărișuri de foioase ponto-sarmatice; Vegetație anuală de-a lungul liniei țărmului; Vegetație forestieră ponto-sarmatică de stejar pufos și Zvoaie cu Salix alba și Populus alba